Das St. Annen-Museums beherbergt die größte Sammlung norddeutscher Schnitzaltäre, einen kleinen, aber hochkarätigen Bestand an Gemälden des 15. und 16. Jahrhunderts, darunter Werke von Lucas Cranach, Hans Kemmer, Jacob van Utrecht und Wilm Dedeke sowie Bürgermeister- und Reformatorenporträts, mittelalterliche Holz- und Steinskulpturen sowie kostbare Paramente. Einrichtungen aus Lübecker Bürgerhäusern und Objekte aus der Wunderkammer des Sammlers Jacob von Melle gehören ebenso zum Bestand wie historische Musikinstrumente, Trachten und Kleider, die Stockelsdorfer Fayencen, der Lübecker Silberschatz, wertvolle Tapeten und eine Spielzeugsammlung. Holländische Stilleben, Landschaftsgemälde und Genredarstellungen des Goldenen Zeitalters aus Lübecker Privatsammlungen sind ebenso vorhanden wie eine graphische Sammlung mit Zeichnungen und Drucken des 16. bis 18. Jahrhunderts.